Если вы купили хостинг у регистратора домена и хостинг вас устраивает - то все хорошо. Если хостинг вас не устраивает по каким либо параметрам, то это поправимо вы всегда сможете купить хостинг на стороне и перенести свой сайт на новый хостинг, настроив DNS нового хостинга.

Если вы зарегистрировали домен у хостера и еще не настало время когда надо продать домен или переоформить его на другое лицо и вас все устраивает то все хорошо.
Если Вы решили продать свой домен или саит вместе с доменом то вам придется изучать правила которые хостер придумал для передачи доменов другому лицу и возможно вашему покупателю придется регистрироваться у этого хостера чтобы перевести домен на себя и быть пожизненно привязанным к этому хостеру-регистратору, вполне возможно что это отрицательно скажется на цене продаваемого Вами домена.

Если хостинг на котором вы зарегистрировали домен, "упал" надолго (на неделю или более или хостинг подвергся долговременной DOS атаке) и вместе с хостингом упал и сайт хостера, Вам останется только ждать и надеяться что хостер "подымится" и ваш сайт восстановится.
Если бы, Ваш домен был зарегистрирован у регистратора домена, Вы смогли бы купить временный хостинг, на месяц, у другого хостера, залить на него страницы Вашего сайта, настроить DNS в панели регистратора, на новый хостинг и через час Ваш сайт был бы опять работоспособен. И вас бы не волновало как долго будет "лежать" первый ваш хостинг.

У регистратора доменов Руцентра есть аукцион доменов и если Вы сейчас не хотите продать свой сайт то возможно вам просто еще не предлагали достойную цену. Обычно потребность в продаже сайта возникает спонтанно и срочно. В Руцентре смена владельца происходит практически одним кликом мыши, если же домен зарегистрирован у хостера то вам и покупателю вашего домена придется выполнять условия придуманные хостером.